管理者画面にて紛失したYubiKeyの設定を解除してください。解除後は紛失したYubiKeyで不正ログインされることはなくなります。悪意のある第三者が落ちているYubiKeyが誰のものであって、それが何のサービスに使われているのか、そして紛失者のID/Passwordを把握していると不正ログインが可能となります。逆に言うと上記の条件がそろっていなければ紛失したYubiKeyを使って不正ログインは出来ないため、紛失しても直ちにインシデントにはなりません。
とはいえ紛失には注意する必要があるため、自宅のカギと同じような扱いをしていただく必要があります。